更新时间 2020-12-01
BLAST
一、脚本模板
- Slurm
#!/bin/bash
#SBATCH --nodes=1 # 节点数量
#SBATCH --ntasks-per-node=56 # 每个节点核心数量
#SBATCH --ntasks=56 # 总核心数
#SBATCH --partition=g1_share # 队列分区且必须指定正确分区
#SBATCH --job-name=vasp # 作业名称
#SBATCH --output=vasp.%j.out # 正常日志输出 (%j 参数值为 jobId)
#SBATCH --error=vasp.%j.err # 错误日志输出 (%j 参数值为 jobId)
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# Software Envrironment #
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unset I_MPI_PMI_LIBRARY # 取消默认mpi库,使用intel自带
export I_MPI_JOB_RESPECT_PROCESS_PLACEMENT=0 # intel 多节点作业所需修改参数
module load intel/2022 intelmpi/2022 # intel 环境加载
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# Run job #
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export OMP_NUM_THREADS=1
blastn -query test.fa -db nt -outfmt 6 -evalue 1e-5 -out "test.blastn@dbname" -num_threads 56
二、编译
- 软件安装
module load conda3
conda create -n blast python=3
conda activate blast
conda install blast -c bioconda