生物信息学与生物学

 

TOPAS

更新时间 2020-12-01

topas

#### TOPAS 包装并扩展了 Geant4 模拟工具包，使医学物理学家更容易使用各种形式的放射治疗的高级蒙特卡罗模拟。 TOPAS 可以对 X 射线和粒子治疗治疗头进行建模，基于 CT 图像对患者几何形状进行建模，对剂量、能量等进行评分，保存和回放相空间，提供高级图形，并且是全四维 (4D)处理治疗期间光束传输和患者几何形状的变化。 TOPAS 用户配置预先构建的组件（例如喷嘴、患者几何形状、剂量测定和成像组件）来模拟各种放射疗法，而无需了解底层 Geant4 模拟工具包或任何编程语言。模拟的所有方面，包括所有 4D 行为，都由独特的 TOPAS 参数控制系统控制。

1、提交脚本

 #!/bin/bash
 #SBATCH --nodes=1                   # 节点数量
 #SBATCH --ntasks-per-node=56        # 每个节点核心数量
 #SBATCH --ntasks=56                 # 总核心数
 #SBATCH --partition=g1_share        # 队列分区且必须指定正确分区
 #SBATCH --job-name=topas             # 作业名称
 #SBATCH --output=topas.%j.out        # 正常日志输出 (%j 参数值为 jobId)
 #SBATCH --error=topas.%j.err         # 错误日志输出 (%j 参数值为 jobId)

 ##############################################
 #          Software Envrironment             #
 ##############################################
 unset I_MPI_PMI_LIBRARY                        # 取消默认mpi库，使用intel自带
 export I_MPI_JOB_RESPECT_PROCESS_PLACEMENT=0   # intel 多节点作业所需修改参数
         # intel 环境加载

 ##############################################
 #               Run job                      #
 ##############################################
topas view.txt

2、安装思路

同目录下在虚拟机中建立相同路径，依赖通过yum安装，安装结束后将二进制文件上传至相同位置。

3、本地安装

##2、依赖安装
yum groupinstall -y "Development Tools"
yum install -y expat-devel
yum install -y libXmu-devel
yum install -y mesa-libGL-devel
yum install -y mesa-libGLU-devel
yum install -y centos-release-scl
yum install -y devtoolset-7
source /opt/rh/devtoolset-7/enable 
yum install -y cmake
##3、合并 topas 安装包
cat topas_3_8_1_centos7.tar.gz.part_* > topas_3_8_1_centos7.tar.gz
tar -zxvf topas_3_8_1_centos7.tar.gz
##4、下载 Geant4 模拟工具包 ，并声明路径
mkdir ~/G4Data
cd ~/G4Data
wget -4 https://geant4-data.web.cern.ch/geant4-data/datasets/G4NDL.4.6.tar.gz
wget -4 https://geant4-data.web.cern.ch/geant4-data/datasets/G4EMLOW.7.13.tar.gz
wget -4 https://geant4-data.web.cern.ch/geant4-data/datasets/G4PhotonEvaporation.5.7.tar.gz
wget -4 https://geant4-data.web.cern.ch/geant4-data/datasets/G4RadioactiveDecay.5.6.tar.gz
wget -4 https://geant4-data.web.cern.ch/geant4-data/datasets/G4PARTICLEXS.3.1.1.tar.gz
wget -4 https://geant4-data.web.cern.ch/geant4-data/datasets/G4SAIDDATA.2.0.tar.gz
wget -4 https://geant4-data.web.cern.ch/geant4-data/datasets/G4ABLA.3.1.tar.gz
wget -4 https://geant4-data.web.cern.ch/geant4-data/datasets/G4INCL.1.0.tar.gz
wget -4 https://geant4-data.web.cern.ch/geant4-data/datasets/G4PII.1.3.tar.gz
wget -4 https://geant4-data.web.cern.ch/geant4-data/datasets/G4ENSDFSTATE.2.3.tar.gz
wget -4 https://geant4-data.web.cern.ch/geant4-data/datasets/G4RealSurface.2.2.tar.gz
wget -4 https://geant4-data.web.cern.ch/geant4-data/datasets/G4TENDL.1.3.2.tar.gz
tar -zxf G4NDL.4.6.tar.gz
tar -zxf G4EMLOW.7.13.tar.gz
tar -zxf G4PhotonEvaporation.5.7.tar.gz
tar -zxf G4RadioactiveDecay.5.6.tar.gz
tar -zxf G4PARTICLEXS.3.1.1.tar.gz
tar -zxf G4SAIDDATA.2.0.tar.gz
tar -zxf G4ABLA.3.1.tar.gz
tar -xzf G4INCL.1.0.tar.gz
tar -zxf G4PII.1.3.tar.gz
tar -zxf G4ENSDFSTATE.2.3.tar.gz
tar -zxf G4RealSurface.2.2.tar.gz
tar -zxf G4TENDL.1.3.2.tar.gz

setenv TOPAS_G4_DATA_DIR ~/G4Data
##5、添加扩展进行编译

cd ~/topas
unzip Geant4Headers.zip
cmake -DTOPAS_EXTENSIONS_DIR=~/topas_extensions
make
##6、对 TOPAS_G4_DATA_DIR变量赋值  上传二进制文件至集群并进行测试，测试算例
setenv TOPAS_G4_DATA_DIR=~/G4Data
cd /Applications/topas/examples/SpecialComponents/MultiLeafCollimator_sequence.txt
#运行命令 
topas MultiLeafCollimator_sequence.txt

参考链接

  http://www.topasmc.org/user-guides/installation
  https://topas-nbio.readthedocs.io/en/latest/getting-started/HowToInstall.html

软件地址

链接：https://pan.baidu.com/s/1accROxlM4bsZIKHjTdo29g 
提取码：6666 
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