GROMACS 是一种分子动力学应用程序

可以模拟具有数百至数百万个粒子的系统的牛顿运动方程。GROMACS旨在模拟具有许多复杂键合相互作用的生化分子，例如蛋白质，脂质和核酸。

---

一、脚本模板

1. Slurm

   #!/bin/bash
   #SBATCH --nodes=1                   # 节点数量
   #SBATCH --ntasks-per-node=56        # 每个节点核心数量
   #SBATCH --ntasks=56                 # 总核心数
   #SBATCH --partition=g1_share        # 队列分区且必须指定正确分区
   #SBATCH --job-name=gromacs    	    # 作业名称
   #SBATCH --output=gromacs.%j.out     # 正常日志输出 (%j 参数值为 jobId)
   #SBATCH --error=gromacs.%j.err      # 错误日志输出 (%j 参数值为 jobId)
   
   ##############################################
   #          Software Envrironment             #
   ##############################################
   unset I_MPI_PMI_LIBRARY                        # 取消默认mpi库，使用intel自带
   export I_MPI_JOB_RESPECT_PROCESS_PLACEMENT=0   # intel 多节点作业所需修改参数 
   module load intel/2022 intelmpi/2022           # intel 环境加载
   moudle load gromacs                            # 软件加载(参考module使用方法，选择具体版本)
   
   ##############################################
   #               Run job                      #
   ##############################################
   
   pdb2gmx -ignh -ff gromos43a1 -f 1OMB.pdb -o fws.gro -p fws.top -water none
   editconf -f fws.gro -d 0.7
   editconf -f out.gro -o fws_ctr.gro -center 2.0715 1.6745 1.914
   grompp -f em.mdp -c fws_ctr.gro -p fws.top -o fws_em.tpr
   srun gmx_mpi mdrun -s fws_em.tpr -o fws_em.trr -c fws_ctr.gro -g em.log -e em.edr
   # srun gmx_mpi mdrun -v -deffnm step7_production
   

---

二、编译

1. 选择版本并下载解压源码

   $ https://manual.gromacs.org/documentation/
   

2. 登录节点禁止运行作业和并行编译，请申请计算节点资源用来编译，并在编译结束后退出：

   $ srun -p g1_share -n 56 --pty /bin/bash
   
   # -p 参数指定了队列，请以实际使用为准
   

3. 环境加载

   module load gcc/12.1.0 cmake/3.21.1 openmpi/4.1.3-gcc12.1.0
   加载gcc环境
   export CC=`which gcc`
   export CXX=`which g++`
   export FC=`which gfortran`
   

4. FFTW安装

   fftw下载路径：https://fftw.org/pub/fftw/
   tar -xf fftw-3.3.9.tar.gz
   cd fftw-3.3.9/
   ./configure --prefix=/es01/home/xiehx/fftw --enable-mpi --enable-static --enable-shared CC=gcc
   make -j 20
   make install
   

5. openblas安装

   openblas下载链接：https://sourceforge.net/projects/openblas/
   tar -xf Openblas-0.3.20.tar.gz
   cd Openblas-0.3.20
   make
   make PREFIX=/es01/home/xiehx/OpenBLAS install
   

6. lapack安装

   lapack下载链接：http://www.netlib.org/lapack
   tar -xf lapack-3.10.1.tar.gz
   cd lapack-3.10.1
   cp make.inc.example make.inc
   make
   cd LAPACKE
   make
   cd ../ 
   mkdir lib
   mv *.a lib 
   

7. gromacs安装

   gromacs下载链接：https://manual.gromacs.org/current/download.html#
   tar xf gromacs-2022.tar.gz
   cd gromacs-2022
   mkdir build ; cd build
   PREFIX=/es01/home/xiehx/gromacs
   LDFLAGS="-lgfortran" CC=mpicc CXX=mpicxx cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=$PREFIX -DBUILD_SHARED_LIBS=on -DBUILD_TESTING=on -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=off -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=off -DGMX_DOUBLE=on -DGMX_EXTERNAL_BLAS=on -DGMX_EXTERNAL_LAPACK=on -DGMX_FFT_LIBRARY=fftw3 -DGMX_BLAS_USER=/es01/home/xiehx/OpenBLAS/lib/libopenblas.a -DGMX_LAPACK_USER=/es01/home/xiehx/lapack/lapack-3.10.1/lib/liblapack.a -DFFTW_LIBRARY=/es01/home/xiehx/fftw/lib/libfftw3.so -DFFTW_INCLUDE_DIR=/es01/home/xiehx/fftw/include -DGMX_GPU=off -DGMX_MPI=on -DGMX_OPENMP=on -DGMX_X11=off ../
   

   附ERROR：lapack64位链接错误处理方法：

   # 使用-fPIC重新编译lapack本身.所以在你的make.inc中更改为以下内容:
   FORTRAN  = gfortran -m64 -fPIC
   OPTS     = -O2 -m64 -fPIC
   DRVOPTS  = $(OPTS)
   NOOPT    = -O0 -m64 -fPIC
   LOADER   = gfortran -m64 -fPIC