化学工程与化学

 

MEEP

MEEP是开源的时域有限差分法模拟软件包，与MPB一起用于模拟电磁系统，由麻省理工学院开发

一、脚本模板

1. Slurm

   #!/bin/bash
   #SBATCH --nodes=1                   # 节点数量
   #SBATCH --ntasks-per-node=56        # 每个节点核心数量
   #SBATCH --ntasks=56                 # 总核心数
   #SBATCH --partition=g1_share        # 队列分区且必须指定正确分区
   #SBATCH --job-name=vasp             # 作业名称
   #SBATCH --output=vasp.%j.out        # 正常日志输出 (%j 参数值为 jobId)
   #SBATCH --error=vasp.%j.err         # 错误日志输出 (%j 参数值为 jobId)
   
   ##############################################
   #          Software Envrironment             #
   ##############################################
   unset I_MPI_PMI_LIBRARY                        # 取消默认mpi库，使用intel自带
   export I_MPI_JOB_RESPECT_PROCESS_PLACEMENT=0   # intel 多节点作业所需修改参数
   module load intel/2022 intelmpi/2022           # intel 环境加载
   
   ##############################################
   #               Run job                      #
   ##############################################
   export OMP_NUM_THREADS=1
   
   mpirun python foo.py > foo.out
   

二、软件安装

1. 环境加载

   module load conda3
   

2. 安装Parallel Meep

conda create -n pmp -c conda-forge pymeep=\*=mpi\_mpich\_\*
# 即我们将并行版本的Meep安装在了虚拟环境pmp上，我们激活虚拟环境

conda activate pmp
# 测试是否安装成功，可以接着打开python,然后

import meep as mp
# 没有报错就说明成功了